2 sezóna
THE SERPENT'S LAIR
Bra'tac osvobodí ze zajetí Goa'uldů SG-1, při tom ovšem přijdou o Daniela, který ovšem použije sarkofág a uteče skrz bránu na Zem a mezitím Klorelova loď dorazí k Zemi, kde se setká s tou Apophisovou. Na Zemi zaměří obě lodě a započnou evakuaci na stanoviště Beta, penthagon použije nejnovější zbraně jako útok proti Goa'uldům, ale ty selhaly. SG-1 s Bra'tacem sabotovali loď a nevedli jí k té druhé, potom utekly v únikových modulech. Bohužel i Apophis s Klorelem.
IN THE LINE OF DUTY
Nasya je pod útokem Goa'uldů a SG-1 pomáhá při evakuaci, cestou jeden Nasyan umírá a tak mu Sam podá dýchání z úst do úst, při tom dojde k implantaci Goa'ulda do Sam. Na Zemi se na to přijde, ovšem ten Goa'uld tvrdí, že je Tok'ra, vzbouřenec proti Goa'uldům a že ho na Zem pronásleduje vrah. To je také pravda a ten vrah se dostane k Sam a pokusí se jí zabít, což se mu málem povede, proto se ten Tok'ra obětuje a daruje život Sam.
PRISONERS
Při průzkumu lesnaté planety SG1 narazí na utíkajícího muže, kterému pomohou, ale v tom jsou i s mužem přeneseni do nějaké tmavé místnosti, kde je jim sděleno, že napomohly vrahovi při útěku a byli poslání na vězeňskou planetu. Tam se o ně postarala místní stará vůdkyně Linea, která byla dobrým vědcem a ovládala hodně technologií. Mezitím se Hammond snažil na diplomatické úrovni dostat SG-1 zpět. Linea a Sam vymysleli způsob útěku a vrátili se na Zem, ale Linea utekla, protože je to ničitelka světů.
THE GAMEKEEPER
Při průzkumu planety, která je jedna velká zahrada SG-1 nachází zvláštní kukaně, ve kterých jsou zalezlí lidé, když najdou prázdné, začnou je zkoumat, ale v tom je ty kukaně, chytí a přitáhnou. Po chvíli se probudí ve své minulosti, kde mají příležitost změnit co se jim nepodařilo, pak zjistí, že za to může místní správce, který jejich myšlenky používá jako kino pro své diváky, kterým tvrdí, že planeta je zamořena, při tom však sám si užívá své zahrady. Sg1 se podaří všechny diváky osvobodit a přemoct správce.
NEED
Na jedné planetě je objeven důl na Naquahdah, ale je zjištěno, že ho pravděpodobně využívá nějaký Goa'uld. V tom Daniel spatří nějakou dívku, která, kdyby jí nepomohl spáchala sebevraždu. Při tom Jaffové polapí celou SG1 a odvedou je do dolů. SG-1 zjistila, že místní vládce není Goa'uld, ale člověk, který ho zabil a teď se chová stejně. Pokusí se utéct, ale Daniel při útěku zemře. Proto ho ta dívka, dcera vládce, dá do sarkofágu. Daniel se jí snaží přesvědčit, aby pustila jeho přátele, ale ona a její otec nechce. Nutí Daniela používat sarkofág, aby zblbnul, což se taky stalo, takže se málem SG1 nedostala pryč. Na Zemi se u Daniela projevili abstinenční příznaky po sarkofágu, pak se vrátil zpět a zjistil, že vládce zemřel, také musel vysvětlit té dívce, že jí nemiluje.
THOR'S CHARIOT
SG-1 zkoumá pustou planetu podobnou měsíci a jediné co tam najdou je v nějakém chrámu zlatá koule s nápisy. Proto jí přinesou na Zem, ale tam z ní vylítnou tyče do stran a jedna z nich zasáhne Jacka. Ten je infikován a přišpendlen na zdi a z koule se začnou šířit mikroorganismy, které jsou pod UV vidět, Sam se pokouší omezit jejich šíření, ale v tu dobu už je vše zamořeno. Také se spustí autodestrukce, proto je nutno navázat kontakt a dohodu.
MESSAGE IN A BOTTLE
SG-1 zkoumá pustou planetu podobnou měsíci a jediné co tam najdou je v nějakém chrámu zlatá koule s nápisy. Proto jí přinesou na Zem, ale tam z ní vylítnou tyče do stran a jedna z nich zasáhne Jacka. Ten je infikován a přišpendlen na zdi a z koule se začnou šířit mikroorganismy, které jsou pod UV vidět, Sam se pokouší omezit jejich šíření, ale v tu dobu už je vše zamořeno. Také se spustí autodestrukce, proto je nutno navázat kontakt a dohodu.
FAMILY
Bra'tac kontaktuje Zemi, protože se syn Teal'ca stal zajatcem Apophise, SG1 se tam vydá, aby ho zachránili. Teal'c se tam dozví, že jeho žena se s ním rozvedla a vzala si jiného. Když se SG1 pokusí osvobodit Rya'ca, tak zjistí, že má vymytý mozek a že věří v Apophise. Pak ovšem začne předstírat, že už v to nevěří a že je normální, proto ho SG-1 i s Teal'covou ženou odvedou na Zem, kde zjistí, že má v sobě zbraň, kterou se pokusí použít. Je mu v tom zabráněno a je použit Zat'n'ktel, aby byl zase normální.
SECRETS
Uplynul rok od poslední návštěvy Abydosu, takže se tam podle slibu vydá Daniel s Teal'cem, aby informovali Kasufa o tom, jestli našli Sha're, ale Jack a Sam nejdou, protože jsou v Penthagonu. Tam se Daniel dozví, že tam Sha're je, neboť je s Apophisem těhotná a je při smyslech, protože při těhotenství symbiont spí. Jack kontaktuje Armin Selig, novinář, aby s ním udělal rozhovor o SGC, protože o tom věděl. Pak byl ovšem přímo před Penthagonem "náhodou" sražen autem. Sam se od otce dozví, že má rakovinu, proto, že si přeje, aby se ze Sam stala kosmonautka, ale ta odmítne. Mezitím na Abydos přijde Heru-ur, aby zajal Amonet.
BANE
Při průzkumu vyspělé planety, na které však nikdo není, je Teal'c bodnut velkým komárem. Teal'c se začne v cosi proměňovat a začne se o to zajímat Panthagon, nikdo mu neumí pomoct, proto když je Teal'c převážen podaří se mu bez symbionta utéct, schová se a stará se o něj jedna dívka. Jack mezitím na té planetě chytí jednoho komára a na Zemi pak zjistí, že koho bodne tomu změní DNA a začne se transformovat do nových komárů. Ta dívka zavolá Jacka a Teal'c je zachráněn. .
THE TOK'RA
Sam je v nějakém tunelu a utíká spolu s ostatními Tok'ry na jinou planetu, v tom se probudí a zjistí, že to byl sen Jolinar, proto se s SG1 vydá na tu planetu, kde je Tok'rové zajmou. SG1 chce vyjednat spojenectví, s čímž v podstatě Tok'rové souhlasí, jen nechtějí pustit SG-1 zpět, neboť si nejsou jistí, tím, že nebudou vyzrazeni a proto chtěj nějaké důkaz důvěryhodnosti.
THE TOK'RA (PART TWO)
Tok'rové se rozhodli SG-1 nepustit domů, neboť pro ně spojenectví nemá význam, ovšem SG1 zjistí, že mají nedostatek hostitelů, ovšem nikdo z SG-1 se jím nechce stát, proto Sam napadne, že její otec umírající na rakovinu by byl dobrým hostitelem pro umírající významnou Tok'ru Selmak. Proto přijdou s Jacobem zpět, ale v tom je planeta napadena Goa'uldy, neboť je jeden Tok'ra-zrádce prozradil. Tok'rové začnou evakuovat, ale Selmak už musí do nového hostitele, proto tam zůstanou spolu s Martoufem a utečou na poslední chvíli.
SPIRITS
SG-11 nalezla výskyt Trinia, proto tam zaznamenávají nějaké podrobnosti, když se mají vrátit prolétne branou šíp, který nešťastně zraní Jacka, proto se zbytek tam SG-1 vydá, ale zjistí, že SG-11 je nezvěstná. Pak jsou zajati místním kmenem a je jim řečeno, že zde smějí těžit jen se svolením duchů, které mají poprosit o vydání SG11. SG11 je opravdu vydána a všichni se i se zástupcem toho kmene vrátí na Zem, kde se s ním chtějí domluvit na těžbě. Ovšem v tom se začnou SG-11 proměňovat v neznámou rasu, která všechny mizí. Pak se je podaří přemoct a je s nimi dohodnut mír.
TOUCHSTONE
Team NID, které se vydává za SG-1 ukradne na Madroně Touchstone, který tam reguloval počasí, proto tam začnou šílené výkyvy počasí, logicky je z toho Madroňskou princeznou La Moor obviněna SG1, ta se na důkaz neviny snaží Touchstone najít, zjistí, že došlo z druhé pozemské bráně k neoprávněné aktivaci, pak začne NID manipulovat s počasím na Zemi, naštěstí jsou včas dopadeni.
THE FIFTH RACE
Sonda našla na jedné planetě známky jedné vyspělé civilizace. SG-1 šla na tu planetu, ale tam zdánlivě nic nebylo, pak se tam našel jeden přístroj, který chytil Jacka a začal s ním něco dělat. Pak se všichni v pořádku vrátili na Zem, ale Jack časem začal mluvit jazykem Antiků a začal umět číst i jejich text, pak si začal dělat nějaký reaktor, také zapsal do počítače nový software a zadal tam nové planety. Pak zachránil život Sam a Teal'covi, kteří se málem uškvařili na jedné planetě. Pak Jack použil svůj reaktor jako pomocný zdroj k bráně a vydal se bránou na Othallu, která je mimo naši galaxii, protože už mu nezvládal mozek. Tam mu Asghardi pomohly a leccos vysvětlili.
A MATTER OF TIME
SG-10 se vydá na planetu, která je pohlcována černou dírou, proto se snaží SG-10 zachránit SG-1, při navázáni červí díry je zjištěno, že nejde odpojit, když se snaží Teal'c s seržantem Davisem odpojit bránu manuálně jsou ošklivě zraněni, ale i přes to, že se jim to povede, červí díra je stále aktivní a začíná to na základně SGC způsobovat silné časové deformace, proto vše musí SG-1 vyřešit.
HOLIDAY
SG-1 najde Machella, starého a nemocného bojovníka s Goa'uldy v jeho laboratoři spolu se spoustou jeho technologií. Machello spolu s Danielem použijí jeden přístroj, který jim prohodí těla, Daniel je v tom Machellově a naopak. Machello si na Zemi užívá a vydává se za Daniela a poznává Zem, kdežto Daniel v jeho těle umírá, proto Sam musí vymyslet způsob, jak jim těla vyměnit zpět, ovšem to je problém, neboť to přístroj neumožňuje, také k tomu musejí Machella donutit. (Podrobný návod jak to Sam udělala je u technologie - vyměňovač těl v sekci Technologie)
SERPENT'S SONG
Po příchodu tísňového signálu se vydá SG-1 na jednu planetu, kde najdou v troskách Death Glideru Apophise. Zajmou ho na Zemi, ale on začne umírat, protože byl mučen Sokarem, který ho honil. Slíbí lidem vše za nového hostitele, ale v tom začne Sokar posílat branou urychlené částice, čímž taví Iris, protože chce dostat Apophise. Proto nezbývá nic jiného, než poslat Sokarovi mrtvého Apophise branou.
ONE FALSE STEP
Při průzkumu planety se zřítí UAV na nějakou bílou rostlinu, SG-1 se ho tam vydá hledat, ale setká se tam s primitivní rasou, bílí humanoidé, která není schopná komunikace. Jsou přátelští, ale začnou z nenadání upadat do komatu. SG-1 za to cítí odpovědnost a snaží se jim pomoct, ale jen se to zhoršuje a navíc na sebe začínají být nevrlí. Poté je zjištěno, že ty místní rostliny vydávají zvuk nepříjemný lidem a naopak místní obyvatelé s ní žijí v symbióze a komunikují spolu.
SHOW AND TELL
Bránou na Zem pronikne malý chlapec, který tvrdí, že ho poslali Reetové, neviditelná rasa, která je pootočena o 180°. Prý má Zemi varovat, před útokem Reetských teroristů, kteří se snaží vymýtit všechny potencionální hostitele Goa'uldů. Ten kluk tvrdí, že se jeho matka schovává na Zemi už dlouho a že byl vytvořen Reety jako kopie člověka. Teal'c matku vycítí a přijdou Tok'rové s TER, který Reety odhalí. Na Zem ovšem proniklo komando Reetů a chlapec začne selhávat.
1969
Hammond odchytí při odchodu na misi Sam a něco dá jí papírek. SG1 projde bránou a objeví se v nějaké budově na Zemi v roce 1969, v poslední chvílí se podaří Teal'covi zachránit SG-1 před usmažením. V tom jsou zajati a přepravováni někam jinam, ale podaří se jim přesvědčit mladého poručíka Hammonda tím papírkem, co dostala Sam. Sam také přišla na to, že jsou v minulosti, protože skrz červí díru prošla sluneční erupce. Na tom papírku byli informace o erupcích, které se v tu dobu budou konat, proto musela SG1 najít bránu, když se jim to po návštěvě Cathrine podařilo dostali se do budoucnosti, tam jim však Cassandra pomohla dostat se zpět.
OUT OF MIND
Jack, Sam a Daniel se probudí každý zvlášť a je jim řečeno, že jsou na Zemi v budoucnosti o 70. let později a také, že ostatní členi teamu zemřeli, jen oni, že byli zmraženi a přežili. Také požadovali znát jména spojenců v boji proti Goa'uldů. Mezitím se na Zemi probudil Teal'c a bylo mu řečeno, že ostatní jsou nezvěstní, proto se Teal'c rozhodne pátrat na vlastní pěst. Ostatní členi SG1 dostávají podezření, že to není pravda.